क्लीनरूम वाइपर के कीटाणुशोधन को "प्रदूषक तत्वों को हटाने के लिए प्रारंभिक सफाई, उसके बाद कठोर नसबंदी, और अंत में सड़न रोकनेवाला सुखाने और भंडारण" के सिद्धांत का पालन करना चाहिए। मुख्य तरीकों में थर्मल स्टरलाइज़ेशन (A0 600 से अधिक या उसके बराबर) या मान्य रासायनिक विसर्जन (उदाहरण के लिए, 75% अल्कोहल या विशिष्ट अवशेष मुक्त कीटाणुनाशक) शामिल हैं। उपकरण के क्षरण या कण संदूषण को रोकने के लिए क्लोरीन आधारित कीटाणुनाशकों का उपयोग सख्त वर्जित है।
उपचार पूर्व सफाई: कणों और कार्बनिक अवशेषों को पूरी तरह से हटाने के लिए विशेष कम लिंटिंग सफाई एजेंटों का उपयोग करें, यह सुनिश्चित करते हुए कि वे बाद के नसबंदी में हस्तक्षेप न करें; यदि दाग पूरी तरह से नहीं हटाए गए, तो कोई भी कीटाणुशोधन विधि अप्रभावी होगी।
थर्मल स्टरलाइज़ेशन (पसंदीदा): नम गर्मी कीटाणुशोधन के लिए औद्योगिक वॉशर कीटाणुनाशक का उपयोग करें, जिससे A0 मान 600 से अधिक या उसके बराबर (10 मिनट के लिए 80 डिग्री, 1 मिनट के लिए 90 डिग्री या 30 सेकंड के लिए 93 डिग्री के बराबर) सुनिश्चित हो सके। मानक उबालने के लिए 15 मिनट से अधिक समय तक 100 डिग्री पर लगातार गर्म करने की आवश्यकता होती है और यह गर्मी प्रतिरोधी सामग्री (कपास/लिनन) तक ही सीमित है; रासायनिक फाइबर सामग्री इस विधि के लिए अनुपयुक्त हैं।
रासायनिक बंध्याकरण: विशेष रूप से सफ़ाई कक्षों के लिए डिज़ाइन किए गए वाइपर तक सीमित। सामान्य तरीकों में 75% चिकित्सीय {{2}ग्रेड अल्कोहल या मान्य अवशेष {{3}मुक्त कीटाणुनाशकों में डुबोना शामिल है। संपर्क समय को प्रक्रिया सत्यापन आवश्यकताओं (आमतौर पर 30 मिनट से अधिक या उसके बराबर) का पालन करना चाहिए। जंग और कण उत्पन्न होने के जोखिम के कारण क्लोरीन आधारित कीटाणुनाशकों का उपयोग सख्त वर्जित है।

